杂化轨迹理论是从分子的结构得出，并解说分子构型的一个理论。能够经过核算价电子对来推的杂化类型。比方NH3分子，有一个孤电子对，三个σ键，所认为sp3杂化。硫酸根离子，周围有四个σ键，sp3杂化。

　　由两个p原子轨迹构成的π键称为p－pπ键。除此之外，p轨迹还能够和对称性的d轨迹构成p－dπ键，例如px－dxz。相同对称性的d轨迹之间还能构成d－dπ键，例如dzx－dzx。

　　分子轨迹（MO）可用原子轨迹线性组合（Linear Combination of Atomic Orbital，简写为LCAO），也是常用的构成分子轨迹的办法。由n个原子轨迹组合可得到n个分子轨迹，线性组合系数可用变分法或其它办法确认。两个原子轨迹构成的分子轨迹，能级低于原子轨迹的称为成键轨迹；能级高于原子轨迹的称为反键轨迹；能级挨近原子轨迹的一般为非键轨迹。

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